Struktur organisasi Universitas Sintuwu Maroso dirancang secara spesifik, guna dapat mendukung Visi dan Misi yang telah dicanangkan pada rencana strategis universitas. Organisasi Universitas Sintuwu Maroso terdiri dari:

Rektorat
Universitas Sintuwu Maroso dipimpin oleh rektor dan wakil rektor, yaitu:

• Rektor : Suwardhi Pantih, S.Sos.,M.M.
• Wakil Rektor I Bidang Akademik, Kemahasiswaan dan Sistem Informasi : Dr. David S.V.L. Bangguna, S.T.,M.T.
• Wakil Rektor II Bidang Perencanaan dan Keuangan : Ilyas Martunus, S.E.,M.M.
• Wakil Rektor III Bidang Kesekretariatan, Humas dan Bantuan Hukum : Moh. Irfan Latowale, S.H.,M.H.
• Wakil Rektor IV Kerjsama dan Sumber Daya Manusia : Gitit I.P. Wacana, S.S.,M.Hum.

Unit Pelaksana Teknis

Perpustakaan :
Kepala : Erni Tonahi, S.E
Kepala Seksi Perencanaan dan Tata Usaha Perpustakaan : Silvana Sirta Motila, S.Sos.

Lembaga Penjaminan Mutu :
Kepala : Yusran Ma'aroef, S.H.,M.H.
Sekretaris : Karmila Akib, S.S.,M.Si.
Ketua Bidang Bidang Pengembangan Sistem Penjaminan Mutu Internal : Ingriyani Yohana Rawung, S.S.,M.Pd.
Ketua Bidang Monev dan Audit Mutu Internal : Herlan Lagantondo, S.IP.,M.Si.

ICT Center :
Plt. Ketua : Oktaf A. Burungudju, S.SI.

Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat :
Kepala : Moh. Rusli Syuaib, S.Sos.,M.Si.
Sekretaris : Dr. Yulinda Tanari, S.P.,M.P.
Ketua Bidang Penelitian : Kamelia Dwi Jayanti, S.Si.,M.Sc.
Ketua Bidang Pengabdian Kepada Masyarakat : Margaretha Badu, S.Sos.,M.Si.

Laboratorium Teknik Sipil : Yulisnawati Lawodi, ST.,MT.
Laboratorium Bahasa : Sherliane T. Poai, S.Pd.,M.Pd.
Laboratorium Biologi : Nining Kasim Muhdin, S.Pd.,M.Pd.
Laboratorium IAD : Uti Nopriani, S.P.,M.P.
Laboratorium Komputer : Gusstiawan Raimanu, S.E.,M.M.

Fakultas

• Fakultas Pertanian
  • Dekan Fakultas Pertanian : Ir. Marthen Pangli, M.Si
  • Wakil Dekan : Dr. Andri Amaliel Managanta, S.P.,M.P.
  • Ketua Program Studi Agroteknologi : Ridwan, S.P.,M.P.
  • Ketua Program Ilmu Peternakan : Helmi Mongi, S.Pt.,M.Si.

• Fakultas Ekonomi
  • Dekan Fakultas Ekonomi : Palata Luru, S.E.,M.M.
  • Wakil Dekan : Iswan M. Masirete, S.E., M.M
  • Ketua Jurusan Manajemen : Sudarto Usuli, S.E.,M.M.
  • Koordinator Program Studi : Ni Kadek Sriwati, S.E.,M.Sc.

• Fakultas Teknik
  • Dekan Fakultas Teknik : Ebelhart Pandoyu, ST.,M.Eng
  • Wakil Dekan : Orva E. Wu'on, S.T.,M.T.
  • Ketua Program Teknik Sipil : Pujiono, ST.,M.Sc
  • Koordinator Program Studi : Elce Misba Bansambua, S.T.,M.T.

• Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik
  • Dekan Fakultas Ilmu Sosial & Ilmu Politik : Drs. A.Y. Walenta, M.PA.
  • Wakil Dekan : Abd. Khalid Hs. Pandipa, S.Sos.,M.Si.
  • Ketua Program Studi Ilmu Administrasi Negara : Fitria Y. Alim, S.Sos.,M.Si.
  • Koordinator Program Studi : Imanuel N. Tadanugi, S.IP.,M.Si.

• Fakultas Hukum
  • Dekan Fakultas Hukum : Dr. Abd. Muthalib Rimi, S.H.,M.H.
  • Wakil Dekan : Albert Morangki, SH.,MH
  • Ketua Program Studi Ilmu Hukum : Darmi L. Penyami, SH.,MH
  • Koordinator Program Studi : Ester Balebu, S.H.,M.H.

• Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan
  
  • Dekan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan : Dr. Eliaumra, S.Si.,M.Si.
  • Wakil Dekan : Vivin K. Modjanggo, S.S.,M.Pd.
  • Ketua Program Studi Biologi : Dewi Purwasi Samaela, S.Pd.,M.Pd.
  • Ketua Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris : Ika Paramitha Lantu, S.S.,M.Pd.

Biro

• Biro Perencanaan, Pengembangan dan Keuangan
  • Kepala Biro : Siti Ramlia, SE
  • Kepala Bagian Keuangan : Yerry R. Tiaki, S.E.
  • Kepala Bagian Perencanaan dan Pengembangan : Jumikem, S.E. 
  • Kepala Sub Bagian Sarana Prasarana : Kadri Abd. Salam, S.E.
  • Kepala Sub Bagian Penerimaan, Pengeluaran dan Pengelolaan Anggaran : Irmawati Mulyo, S.E.

• Biro Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan
  • Kepala Biro : Minrat Nona Raimanu, SE.,M.AP
  • Kepala Bagian Akademik dan Sistem Informasi : Andri Sy. Antu, S.E.
  • Kepala Sub Bagian Sistem Informasi : Oktaf A. Burungudju, S.S.I.
  • Kepala Bagian Kemahasiswaan : Moh. Saad Lasampe, S.T.
  • Kepala Sub Bagian Minat dan Bakat : Andi Dj. Lamoa, S.Sos.

• Biro Kesekretariatan, Humas dan Bantuan Hukum
  • Kepala Biro : Yorhan Lumalo, S.E.
  • Kepala Bagian Kesekretariatan dan OTK : Damson Lamitu, S.H.
  • Kepala Bagian Ketatausahaan, Kerumahtanggaan, Humas dan Pers : Hayani Pamian, S.E.
  • Kepala Sub Bagian Sekretariat dan Bantuan Hukum : Jumari, S.H.
  • Kepala Sub Bagian Ketatausahaan : Ni Wayan Sri Ayu Rahmawati, S.Pd.
  • Kepala Sub Bagian Kerumahtanggaan : Alfandi Mengiko, S.Sos. 

• Biro Kerjasama dan Sumber Daya Manusia
  • Kepala Biro : Rusdi, S.E.
  • Kepala Bagian Kerjasama dan Alumni : Yustia Tanari, S.P.
  • Kepala Bagian SDM dan Ketenagaan : Seprianti Olivia Konda, S.Sos.
  • Kepala Sub Bagian Pengembangan, Mutasi, Kesejahteraan dan Pensiun : Rut Taluari, S.Sos.
  • Kepala Sub Bagian Kerjasama dan Layanan Internasional : Abdul Rahman, S.Sos.